從公平性角度看，稅收是優(yōu)選的政策。如果采用初始排放權(quán)免費配給制度，像上文所述，它相當(dāng)于將全社會的收入免費送給這些排放企業(yè)，這不可避免地會產(chǎn)生尋租的問題。這樣一方面有關(guān)系的企業(yè)往往會先得到配額，而沒有關(guān)系的企業(yè)則要加大公關(guān)投入，會加重企業(yè)的額外負(fù)擔(dān)，造成企業(yè)之間競爭的不公平。另一方面，這會強化政府在市場有效運行領(lǐng)域的行政干預(yù)，不利于經(jīng)濟市場化改革完善，且容易滋生腐敗，與現(xiàn)在提倡建立廉潔高效的政府不符。

如果采用拍賣等方式將排放權(quán)賣給企業(yè)，這樣操作就有較大的公開透明性，即起碼在操作層面上能夠保證公平。由于產(chǎn)品在市場上流通，購買產(chǎn)品的人都會承擔(dān)部分成本，確保中高收入者的公平性。這樣會損害低收入者的公平性，故可將拍賣排放權(quán)所取得的收入以福利的形式分給低收入者。如果采用碳稅，則與初始排放權(quán)拍賣的排放權(quán)交易制度類似，但是碳稅本身被認(rèn)為累退性比較大，故公平性不及前者。