管理辦法的第三十九條和第四十條分別針對“未按規(guī)定報告處罰”和“未履約處罰”進行了規(guī)定。兩條處罰規(guī)定對于經(jīng)濟處罰方面僅規(guī)定最高3萬元的罰款，但會等量核減其下一年度碳排放配額。曾在征求意見稿第四十六條出現(xiàn)的“聯(lián)合懲戒”條款（對違反本辦法第四十三條至第四十五條規(guī)定而被處罰的重點排放單位，省級生態(tài)環(huán)境主管部門應(yīng)當向市場監(jiān)管、稅務(wù)、金融等管理部門通報有關(guān)情況，并予以公告）并沒有在管理辦法中出現(xiàn)，有待后續(xù)相關(guān)政策的補充。